Minister zdrowia Izabela Leszczyna określiła podział kompetencji kierownictwa MZ.
Zgodnie z zarządzeniem szefowa MZ jest członkiem Rady Dialogu Społecznego, a także inicjuje, koordynuje i nadzoruje wykonywanie zadań przez: Departament Innowacji, Departament Lecznictwa, Departament Nadzoru i Kontroli, Wydział Ochrony Informacji Niejawnych; Gabinet Polityczny Ministra, Biuro Komunikacji oraz Biuro Ministra. Minister sprawuje też nadzór nad Głównym Inspektorem Farmaceutycznym, Głównym Inspektorem Sanitarnym, Prezesem Biura ds. Substancji Chemicznych oraz Prezesem Urzędu Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych.
Minister Leszczyna sprawuje wyłączny nadzór i podejmuje wszelkie rozstrzygnięcia dotyczące Narodowego Funduszu Zdrowia. Nadzoruje także działalność m.in. Agencji Badań Medycznych, Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji, Centrum e-Zdrowia, Centrum Organizacyjno-Koordynacyjnego ds. Transplantacji „Poltransplant” oraz instytutów, w tym m.in. Instytutu „Centrum Zdrowia Matki Polki” w Łodzi, Instytutu „Pomnik-Centrum Zdrowia Dziecka”, Narodowego Instytutu Onkologii, Narodowego Instytutu Kardiologii, Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc, Instytutu Hematologii i Transfuzjologii, Instytutu Medycyny Pracy im. prof. dr med. Jerzego Nofera w Łodzi i Instytutu Medycyny Wsi im. Witolda Chodźki w Lublinie.
Sekretarz stanu Wojciech Konieczny, zgodnie z zarządzeniem, inicjuje, koordynuje i nadzoruje wykonywanie zadań przez departamenty: Budżetu i Finansów oraz Zdrowia Publicznego. Nadzoruje on działalność m.in. Krajowego Ośrodka Zapobiegania Zachowaniom Dyssocjalnym w Gostyninie, Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego PZH – Państwowego Instytutu Badawczego, Polskiego Laboratorium Antydopingowego i Zakładu Zamówień Publicznych przy Ministrze Zdrowia oraz odpowiada za bieżącą koordynację spraw parlamentarnych w Ministerstwie Zdrowia.
W myśl zarządzenia podsekretarz stanu Urszula Demkow inicjuje, koordynuje i nadzoruje wykonywanie zadań przez Departament Rozwoju Kadr Medycznych. Wiceminister nadzoruje działalność m.in. Centrum Egzaminów Medycznych w Łodzi, Centrum Kształcenia Podyplomowego Pielęgniarek i Położnych, Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego i uczelni medycznych.
Wiceminister Katarzyna Kacperczyk jest m.in. członkiem Komitetu ds. Europejskich. W zarządzeniu zapisano, że inicjuje, koordynuje i nadzoruje ona wykonywanie zadań przez departamenty: Analiz i Strategii, Oceny Inwestycji i Współpracy Międzynarodowej.
Podsekretarz stanu Marek Kos jest członkiem Komitetu Rady Ministrów ds. Cyfryzacji, Komitetu Społecznego Rady Ministrów, Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego oraz Stałego Komitetu Rady Ministrów. Jest przewodniczącym Zespołu Zarządzania Kryzysowego Ministra oraz inicjuje, koordynuje i nadzoruje wykonywanie zadań przez Departament Bezpieczeństwa i Departament Dialogu Społecznego. Nadzoruje też działalność Lotniczego Pogotowia Ratunkowego.
Podsekretarz stanu Maciej Miłkowski, zgodnie z zarządzeniem, inicjuje, koordynuje i nadzoruje wykonywanie zadań przez Departament Polityki Lekowej i Farmacji oraz nadzoruje działalność: Centralnej Bazy Rezerw Sanitarno-Przeciwepidemicznych w Porębach koło Zduńskiej Woli oraz Narodowego Instytutu Leków.