Refundacja oznacza pokrywanie przez Narodowy Fundusz Zdrowia części lub całości ceny leku, który pacjent otrzymuje w szpitalu lub kupuje w aptece.
Leki są refundowane w różnym stopniu – wiele leków jest całkowicie bezpłatnych dla pacjenta (np. programy lekowe, leki podawane w czasie leczenia w szpitalu, leki dla osób 75+), do części pacjenci dopłacają (np. 3,2 zł za leki objęte ryczałtem, za inne 30 proc. lub 50 proc. ich ceny do określonego limitu). Część leków nie jest refundowana i pacjent musi zapłacić pełną cenę (niektóre na receptę, wszystkie sprzedawane bez recepty).
Lista leków refundowanych jest publikowana przez Ministra Zdrowia co dwa miesiące. Obejmuje wiele tysięcy produktów, które pacjent może kupić w aptece na podstawie recepty, a także leki przyjmowane w czasie leczenia szpitalnego oraz w ramach programów lekowych. Pacjenci przebywający na leczeniu w szpitalu nie płacą za leki – ich koszt w całości ponosi szpital, który następnie otrzymuje refundację z NFZ.
Programy lekowe, których jest ponad sto, dotyczą leczenia niektórych chorób nowymi, zwykle bardzo drogimi lekami. Do leczenia w programie lekowym pacjent musi zostać zakwalifikowany na podstawie oceny stanu zdrowia i szans na jego poprawę dzięki nowej terapii. Koszty leków w programach lekowych, ponoszone w całości przez NFZ, są negocjowane przez rząd z ich producentami.
Ceny leków refundowanych, które są dostępne w aptece, zależą od decyzji producentów. NFZ refunduje koszt zakupu leku do określonego limitu, którego wysokość ustalana jest na podstawie ceny najtańszego leku dostępnego na rynku w swojej grupie. Z tego powodu leki zawierające tę samą substancję czynną mogą dla pacjenta kosztować więcej lub mniej, mimo że kwota refundacji jest taka sama. Kiedy na rynku pojawi się nowy lek najtańszy w swojej grupie, limit refundacji się zmniejsza, więc ceny pozostałych leków z tej grupy dla pacjenta mogą wzrosnąć, chyba że ich producenci także je obniżą. Pacjent w aptece decyduje, który chce kupić lek spośród wszystkich zawierających substancję czynną przepisaną przez lekarza, biorąc pod uwagę, że ich ceny mogą się różnić.
Specjalne programy finansowane z budżetu państwa dla osób powyżej 75. roku życia oraz kobiet w ciąży sprawiają, że wiele leków jest dla tych osób całkowicie bezpłatnych. Są one wydawane na podstawie recepty, której wystawienie podlega dodatkowym ograniczeniom, na przykład nie każdy lekarz może ją przepisać.